Eigentlich sollte ja so etwas kein Problem sein, und ich dachte zuerst, dass man ja einfach nur den Pfad/Namen der Zieldatei im Quelldokument austauschen muss, also so etwas wie das Neuverknüpfen externer Dateien.
Aber so einfach macht es uns InDesign nicht.
Ich habe das Problem mit zwei einfachen Beispieldateien nachgestellt:
Datei1:

Datei2:

Der vollständige Hyperlink in Wps HyperlinkInspector:

Nach Umbennen der Zieldatei:

fehlt das komplette Ziel und damit alle Informationen über das Ziel.
Auch ein Versuch per Skript an diese Informationen heranzukommen, scheitert mit einer Fehlermeldung.
Sind diese Informationen verloren?
Nein, keineswegs, denn nach Rückbennung der Zieldatei sind die Ziele wieder komplett:

Leider hilft diese Erkenntnis wenig bei der ursprünglichen Problemstellung.
Aus meiner Sicht müsste aber Folgendes per Skript funktionieren:
1. Kopieren der Dateien mit neuem Namen
2. Auslesen der Zielinformationen
3. Zuweisen des neuen Ziel in der Quelldatei.
4. Speichern der geänderten Dateien
5. Sichern oder Löschen der alten Dateien
Also ein recht komplexer Vorgang.